Al 'desactivar' la fortaleza la dejas sin mantenimiento, es decir, desaparece la guarción de la misma. Ésto se traduce en que en la práctica en como si no la tuvieras, pues si te asedian con "0" soldados en la guarnición, ésta caerá muy pronto.
La ventaja es que de esta forma te cuesta la mitad mantenerla. También hay que decir que las fortalezas mantenidas contribuyen al nivel de "Tradición del Ejército'. Dicho de otro modo, si desacticas muchas, muy probablemente tu nivel de este parámetro descenderá más rápidamente, con el consiguiente perjuicio a la hora de reclutar generales.
Si me permites mi opinión, yo no desactivaría las fortalezas fuera de tu isla. Ten en cuenta que éstas recuperan efectivos del orden de 150-200 soldados al mes, por lo que una fortaleza de nivel 2 (2000 de guarnición) puede tardar hasta 1 año en recuperarse... La mejor defensa de tu isla será tu armada, la cual te permitirá ganar tiempo aumentar la guarnición, si te ficiera falta. Bueno, siempre puedes tener la 'sopresa' de los escoceses, que digamos te puede atacar por tierra. Personalmente, es lo primero que trataría de solucionar, desactivarlos para tener seguro el 'patio de atrás'....
No tengo el último de los DLC's, pero si tuviera que definir en una palarbra cómo les ha quedado el EU4 diría 'equilibrado'. Se acabo eso de centrarse en una rama de tecnología y sacar ventaje de 6 o 7 niveles a los rivales, las penalizaciones son tremendas. El tema del ejército, la soldadesca limita muchísimo las guerras, por lo que tampoco puedes ir en plan atila declarando la guerra a todo el mundo. Han quitando también la penalización a las naciones no occidentales por tecnología, por lo que los musulmanes (imperio otomano) y tribus africanas dan por culo a base de bien. En fin, les ha quedado bastante chulo.